Sinopse Fate/Apocrypha é um mundo paralelo ao de Fate/stay night, onde o Santo Graal foi removido de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos. Por volta do ano 2000, enquanto a Quinta Guerra do Santo Graal deveria acontecer, o grupo que saqueou o Graal, chamado Yggdmillennia, declara abertamente sua separação da Associação dos Magos e que estão na posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas todos, com exceção de um, são instantaneamente abatidos. O mago sobrevivente consegue ativar o sistema reserva do Santo Graal, permitindo a convocação de catorze Servos no total. Isto marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, com duas facções diferentes, a Facção Negra, cujos membros fazem parte de Yggdramillennia, e a Facção Vermelha, cujos membros foram enviados pela Associação dos Magos, com exceção de um, enviado pela Igreja. O Graal também convoca um Regente, para agir como um mediador da Guerra do Santo Gr